ごく普通の家庭に住み着いた、1匹の間の抜けたオバケが引き起こす騒動を面白おかしく描く。藤子流生活ギャグ漫画の原点にして、初の大ヒット作で代表作。スタジオ・ゼロのメンバーである石ノ森章太郎らが手伝った。『オバQ』と省略されて呼ぶことも多い。3度にわたってアニメ化された。また藤子漫画は、それまでシリアス志向の強い作品が多かったが、これを機に『ギャグ漫画の藤子不二雄』として広く認知されるようになっていく。『オバケのQ太郎』の5年後に主に藤子・F・不二雄（藤子F）が描いた『新オバケのQ太郎』や、オバケのQ太郎の後日談的な話の『劇画・オバQ』（藤子Fの単独作）という作品もある。
2人の藤子は、オバQ以前から合作をする一方で、いずれかの単独作も藤子不二雄名義で発表してきたが、両人の作風や絵のタッチの違いが次第に明確になってきたため、『オバケのQ太郎』が藤子不二雄の最後の合作作品となった。
筆者の宝物
雑誌掲載開始
『週刊少年サンデー』編集部に出入りしていた子供の持ち込んだ自筆のお化け漫画｢ケバ男くん｣を見た編集者はお化け漫画を連載することを提案し、藤子Fが怪談やオバケ好きと聞いてオバケを主人公にした漫画を依頼した。藤子Fと藤子Ⓐは当時作ったアニメスタジオ「スタジオ・ゼロ」へ小田急線で通勤中に小田急→オバQ→「オバケのQ太郎」というタイトルを思いついた。以上は藤子Fの描いたマンガ『スタジオ・ボロ物語』やTBSにて2008年4月12日放送の番組『ブロードキャスター』における藤子Ⓐのインタビュー発言によるものだが、タイトルの由来については、これとは異なる説明もある。それは藤子Fと藤子Ⓐが共同で執筆した自伝『二人で少年漫画ばかり描いてきた』によるもので、まず最初に『オバケの○太郎』というタイトルが決まり、○の部分にはめる言葉を探していたとき、小説家の安部公房の本をパラパラとめくっていたら、Qという文字が目に止まり、愛敬のある文字だという理由でQ太郎になったというものである。『アサヒ芸能』2002年9月5日号の藤子Ⓐへのインタビュー記事やNHKラジオでも同様のことが本人の口から語られていたことがある。連載1回目の「忍者ごっこ」のストーリーは、ゼロの事務所のそばで、忍者ごっこをしている子供達を見てそのまま決めた。
無事タイトルも決まり、スタジオ・ゼロの財務を支えるスタジオ・ゼロ雑誌部の仕事として、スタジオ所属のメンバーが手伝い、『週刊少年サンデー』誌上で1964年にスタートしたが、読者の反応がまったくなく、連載は9回でいったん終了した。連載中は藤子もスタジオ・ゼロを救うための仕事としてあまり力が入らず、周囲の期待もなかったというが、連載終了後読者から再開を求める手紙が殺到し、3か月後に連載が復活。再開後は藤子Fがストーリーを全て担当し、他のゼロメンバーは作画協力に留まることになる（この体制は『週刊少年サンデー』での連載が終了する1966年末まで続いた。また、それ以外の雑誌は藤子不二雄の二人が描いてている）。当初は、藤子FがQ太郎、藤子Ⓐが正太、赤塚不二夫が背景、石ノ森章太郎とつのだじろうがその他の人物を描いていた。オバケのQ太郎の漫画の中で石ノ森や赤塚の作品のキャラクター（『おそ松くん』の六つ子やチビ太など）が度々登場していたのはこのためである。